OFFRES de THESES ou POSTDOCS mises à jour Janvier 2020

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2 PhD grants in Bordeaux, France
Development of UltraFast Parametric MRI at 3T PhD2019_Bordeaux

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Post-doctoral Position in Pre-clinical Neuroimaging
Center for Magnetic Resonance in Biology and Medicine (CRMBM)
CNRS, Aix-Marseille University, Marseille, France

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Postdoctoral Position   Diffusion MRI at 7T in focal epilepsy
Aix-Marseille University, Marseille, FRANCE

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Offre de post-doctorat (CREATIS/Lyon)

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 Postdoctoral Position in Metabolic MRI

NeuroSpin, CEA-Saclay, France

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PhD offer for FET-Open European Project
PrimoGAIA

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Post-doctoral positions
Measuring and modeling brain metabolite diffusion

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 PhD position in the field of imaging tumor metabolic plasticity in melanoma.

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PhD Position available            Pour accéder au fichier pdf : PhD position Bordeaux ISM
implantable NMR microcoils for metabolic imaging and spectroscopy
Institut des Sciences Moléculaires (ISM) Bordeaux, France
Position description
A 3 years PhD position is opened in the Molecular MRI team (head Y. Crémillieux) of the
Institute of Molecular Sciences (UMR CNRS 5255) in Bordeaux, France.
The PhD project will focus on the development and the application of innovative implantable
NMR microcoils for MRS and MRI biomedical studies. In vivo investigations will be carried
out in animal models of disease. The transfer to the clinic is part of the objectives of the PhD
project. The candidate will work in a multidisciplinary environment including biologists,
physicists, MR scientists and radiologists.

Qualifications
The position is opened to candidates with strong background in physics or biomedical
engineering.
Facilities
The team is based in the IBIO (Institut de Bio-imagerie de Bordeaux) including a platform
with preclinical scanners (4.7 and 7 Tesla), clinical research scanners (3 Tesla) and a
dissolution DNP polarizer. The Institute is located on the Life Sciences and hospital campus
at 10 minutes from the city center with public transportation.

Position closing: December 2019
For more information and application please contact:
Dr. Yannick Crémillieux, yannick.cremillieux@u-bordeaux.fr

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PROJET DE THESE : Cartographie haute résolution des réseaux de neurones par microscopie optique en recherche préclinique
High resolution mapping of neural networks by optical microscopy in preclinical research.

Lien vers la fiche descriptive 

MOTS-CLES : traitement de l'image, modélisation 3D, segmentation, machine learning
DIRECTEUR DE THESE : Thierry DELZESCAUX (thierry.delzescaux@cea.fr)

ÉQUIPE D’ACCUEIL : CEA-MIRCen, LMN
(Laboratoire des Maladies Neurodégénératives),
18, route du Panorama - BP N° 6
92265 - Fontenay aux Roses Cedex
http://i2bm.cea.fr/drf/i2bm/Pages/mircen.aspx

FINANCEMENT : Programme Paris Region PhD (PhD2), Île-de-France
PARTENAIRE SOCIO-ECONOMIQUE : société NEOXIA (co-encadrant Cédric CLOUCHOUX)
DUREE DE LA THESE : 36 mois (date de début 10/2019)
UNIVERSITE / ECOLE DOCTORALE : Université Paris Saclay, ED EOBE (ED 575)
RESUME : L’objectif de ce travail de thèse sera de développer des outils logiciels originaux pour étudier des populations de neurones à l’échelle de cerveaux entiers en recherche préclinique. Les images seront acquises par microscopie optique à très fort grossissement pour permettre une individualisation à l’échelle des neurones. Le dénombrement ainsi qu’une modélisation de la cytoarchitecture de ces cellules fourniront des informations nouvelles d’un grand intérêt dans des cas sains (anatomie, développement) mais aussi pathologiques (maladies neurodégénératives, mort neuronale). Des techniques avancées de traitement de l’image seront utilisées pour mener ces analyses (apprentissage machine, calcul intensif). Enfin, une validation des résultats obtenus sur des données multi-espèces produites au CEA-MIRCen sera réalisée en comparant les résultats obtenus avec la technique de référence de stéréologie (comptage cellulaire) ainsi qu’avec des segmentations anatomiques de référence (expert neuroanatomiste, atlas numériques).
SUMMARY: The objective of this thesis work will be to develop original software tools to study whole brain neuron populations in preclinical research. The images will be acquired by optical microscopy at very high magnification to allow individualization at the scale of neurons. The counting and modelling of the cytoarchitecture of these cells will provide new information of great interest in healthy cases (anatomy, development) but also pathological cases (neurodegenerative diseases, neuronal death). Advanced image processing techniques will be used to conduct these analyses (machine learning, high performance computing). Finally, validation of the results obtained on multi-species data produced at CEA-MIRCen will be carried out by comparing the results obtained with the stereological reference technique (cell counting) and with anatomical segmentations (neuroanatomist expert, digital atlases).
INFORMATION DETAILLÉE
- Contexte : Les neurones constituent une composante primordiale du cerveau. A ce titre de nombreuses recherches ont été menées en neurosciences pour dresser des cartographies de ces populations de cellules, mieux comprendre leur développement, leurs caractéristiques ainsi que leur organisation. Ces études ont été menées dans des cas sains mais également pathologiques comme les maladies neurodégénératives (Alzheimer, Parkinson, Huntington, etc.). La plupart des études se sont limitées à étudier quelques régions d’intérêt du cerveau du fait de la dimension très importante des données acquises à l’échelle cellulaire par microscopie optique (une seule coupe histologique peu atteindre plus de 150 giga-octets pour un cerveau de macaque) [Walløe et al., Front. Hum. Neurosci., 2014]. De plus, il est particulièrement difficile de segmenter les neurones (intensité de marquage variable) et d’individualiser ceux qui sont accolés en 2D dans des zones denses [You et al., ICIP 2016] (Figure 1). Malgré ces limitations fortes, il existe aujourd’hui une attente très forte de la communauté des neurosciences pour avoir accès à des solutions algorithmiques efficaces qui permettraient de traiter au niveau cellulaire de très grands volumes de données histologiques, idéalement à l’échelle de cerveaux entiers ce qui n’a jamais été réalisé jusqu’à présent. La technique de référence utilisée aujourd’hui par les biologistes pour effectuer des comptages cellulaires est la stéréologie [West et al., Anat. Rec., 1991]. Cette technique est longue et fastidieuse à réaliser ce qui limite son champ d’application à grande échelle et elle ne fournit qu’une information globale du nombre d’objets au niveau de régions anatomiques (pas d’information locale accessible). Dans ce contexte, le développement de techniques automatiques d’analyse d’image à haut débit ouvrirait de nombreux champs d’applications en neurosciences.

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POSTDOCTORAL POSITION
Center for Magnetic Resonance in Biology and Medicine (CRMBM)
Marseille, France
The Center for Magnetic Resonance in Biology and Medicine http://crmbm.univ-amu.fr, located at the Timone University Hospital in Marseille is seeking to appoint a full-time postdoctoral research fellow (18 months) starting September 2019. The position is in the "MSK Group" headed by D. BENDAHAN. The CRMBM is located on the Campus of the Medical School in Marseille, adjacent to the Timone University Hospital, the largest medical facility in Southern Europe. It is jointly operated and funded by CNRS (National Center for Scientific Research), Aix-Marseille University and the Public Hospital System of Marseille.
We currently have an opportunity for a talented and enthusiastic Post-doctoral Research Fellow to join us on a project entitled “Ultra-high field Quantitative Imaging of bone microarchitecture”. The aim of the project will be to develop, optimize and evaluate an integrated imaging protocol aiming at quantifying mineral contents in human bone based on systematic comparisons between solid-state MRI at 7T and X-ray synchrotron-based technics. Initial experiments will be performed in anatomical samples using both techniques and the ultimate goal will be to design a specific MRI protocol which will be used in patients. The candidate is expected to have a solid background in investigative techniques such as MRI and/or X-ray synchrotron-based technics and to be familiar with the field of bone microarchitecture and mineralization.
Successful candidates must hold a PhD or equivalent degree with expertise broadly relevant to the research areas. He/She must have excellent oral and written communication skills and must be able to work in a team environment.
Salary is competitive and includes health insurance and complete social coverage. Applicants should send a Statement of Research Interests, a Curriculum Vitae, and 2 recommendation letters to :
david.bendahan@univ-amu.fr

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Doctorat en imagerie biomédicale
IRM quantitative de la stéatohépatite non alcoolique

Dans le contexte du projet de recherche hospitalo-universitaire « QUID-NASH », l’équipe « LBI,
Laboratoire des Biomarqueurs en Imagerie » du Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI, UMR
1149 Inserm - Université de Paris, Bichat) ouvre au recrutement un poste de doctorat en imagerie.
Sujet
Le sujet de thèse porte sur le développement de la stéatohépatite non alcoolique et vise à étudier
l’importance de la mécanotransduction dans l’inflammation et la fibrogenèse. Ce travail se situe dans
le cadre du projet QUID-NASH qui porte sur le développement de marqueurs multi-omiques de la
stéatohépatite non alcoolique dans le diabète. Dans le cadre du groupe de travail préclinique, le
doctorant participera aux acquisitions en IRM multiparamétrique à 7T (relaxométrie, élastographie,
quantification et caractérisation de la graisse) dans des modèles murins d’hépatopathies
stéatosiques. Ces acquisitions visent à établir des biomarqueurs d’imagerie pour le diagnostic et la
caractérisation de la stéatohépatite non-alcoolique chez la souris. Le doctorant sera en charge du
traitement des données d’imagerie. Il devra également prendre en charge la collection de tissus et
procéder à leur analyse morphométrique et biologique, en relation avec les plateaux techniques du
site. Le projet se fera en parallèle du bras clinique du projet QUID-NASH, avec lequel de nombreux
transferts technologiques seront menés. La formation d’expérimentation animale de niveau «
Concepteur » sera proposée.
Environnement
Le CRI est distribué sur les sites hospitalo-universitaires Bichat (Paris 18è) et Beaujon (Clichy).
L'équipe LBI, dirigée par le Pr. Bernard Van Beers, a pour objectif principal l'élaboration de nouveaux
biomarqueurs d'imagerie pour les maladies abdominales. Cet objectif est initié par une approche
fondamentale et méthodologique, qui est appliquée in vivo sur le petit animal et transférée vers la
clinique. L’équipe est caractérisée par une interdisciplinarité forte.
Compétences souhaitées
Travail en équipe, anglais, manipulations petit animal, IRM quantitative, physiopathologie hépatique,
traitement d’images médicales, biostatistiques, programmation Matlab et Python.
Contacts
bernard.van-beers@inserm.fr
philippe.garteiser@inserm.fr
sabrina.doblas@inserm.fr
Laboratoire des Biomarqueurs en Imagerie, UMR 1149 Inserm – Université de Paris
Faculté de médecine X. Bichat
16 rue Henri Huchard, F-75018 Paris
http://www.cri1149.fr

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offre de postdoctorat ouverte ouverte au IADI à Nancy:

Offre de post-doctorat en IRM et radiofréquence appliquée au dépistage du cancer du sein:
Unité INSERM U1254
Date de début : dès que possible
Durée : 1 an ou plus

L’objectif de la recherche est d’améliorer la caractérisation tissulaire mammaire et ainsi augmenter la
spécificité du dépistage du cancer du sein. Il s’agit de proposer une alternative à la mammographie à
rayons X qui est douloureuse, irradiante et peu sensible. Une alternative clinique existe, il s’agit de l’IRM
mammaire qui a malheureusement également quelques limites en termes de spécificité. Pour réaliser l’IRM
du sein, la patiente est couchée sur le ventre ayant ses seins placés dans une antenne de taille unique.
Cet examen n’est pas apprécié par les patientes et n’est pas optimum du point de vue du signal IRM. Pour
améliorer le confort et optimiser le signal, nous pensons qu’il est possible de faire l’examen couché sur le
dos en y associant nos techniques de gestion de mouvement. Pour cela, nous développons une antenne
spécifique avec nos partenaires à Orsay (France) et Vienne (Autriche). Parallèlement, nous souhaitons
améliorer la spécificité en associant l’IRM à la tomographie par radiofréquence.

 Plus de renseignements : postdoctorat IADI

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Vous trouverez sur les liens suivants une offre de thèse à pourvoir dans le Department of Preclinical Imaging and Radiopharmacy de l’Université de Tuebingen. Le département recherche aussi des post doctorants, leur accueil dans l’équipe se faisant sous réserve de l’obtention d’une bourse de la  Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG).

 Si vous êtes intéressé(e), consultez les informations sur les sites suivants : 

 http://www.e-smi.eu/index.php?id=vacancies

 https://www.ismrm.org/career-center/graduate-positions/

 https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/398885

 contact:

Andre F. Martins, Ph.D

 Research Group Leader

 Department of Preclinical Imaging and Radiopharmacy

 University Hospital Tuebingen (UKT)

Roentgenweg 13

72076 Tübingen

GERMANY

Phone:+49 7071 29 87487

Email: Andre.Martins@med.uni-tuebingen.de

Web: http://www.isct.uni-tuebingen.de/wsic/group/staff/staff-member/andre-martins/

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Neurochirurgie guidée par l’image : Imagerie optique et de fluorescence pour l’assistance per-opératoire en neurochirurgie.

Thèse à CREATIS à Lyon financée par une allocation doctorale du Labex PRIMES. 

Thèse_CREATIS-LabHC_2019

 L’utilisation de l’imagerie médicale dans le diagnostic et la prise en charge des patients prend une place de plus en plusimportante. En particulier, l’imagerie per-opératoire (dans le bloc opératoire chirurgical) se développe fortement.Toutefois de nombreux problèmes scientifiques, techniques et expérimentaux restent à résoudre dans ce champ derecherche pluridisciplinaire aux frontières de la Physique et de la Médecine. Nous développons notamment des méthodesd’imagerie optique et de fluorescence peropératoires pour l’assistance au geste chirurgical lors de neurochirurgies dest umeurs cérébrales.

CONTEXTE MEDICAL
Le glioblastome multiforme est une tumeur grave en termes de malignité et d'évolution,
c’est la tumeur primitive du cerveau la plus fréquente et la plus agressive. La principale
thérapie est une chirurgie d’exérèse tumorale complète. Actuellement le problème réside
dans la précision en termes de délimitation des berges de la lésion, spécialement parce
que le tissu sain et la marge tumorale peuvent avoir la même apparence lors de
l’opération. La technique de microscopie de fluorescence de la protoporphyrin IX (PpIX)
induite par 5-ALA est le standard clinique le plus efficace actuellement mais qui souffre
encore d’un manque de sensibilité.

CONTEXTE SCIENTIFIQUE
Nous avons démontré (Montcel, et al., Biomedical Optics Express, 4(4), 2013 ; Alston et al. Journal
of Biomedical Optics, 23 (9), 2018) que la complexité spectrale de l’émission de fluorescence
peropératoire de la PpIX est pertinente pour identifier les tissus tumoraux et particulièrement la
composante infiltrée. Nous avons également mené un premier essai clinique sur 10 patients à
l’aide d’un prototype de spectroscopie de fluorescence per-opératoire validé par l’ANSM. Cette
étude a démontré la pertinence des nouveaux biomarqueurs proposés pour identifier la marge
tumorale et sa frontière avec les tissus sains (Alston et al. Biomedical Optics Express 10(5), 2019).
Toutefois ces travaux se confrontent à plusieurs verrous liés à la compréhension et à la
quantification des biomarqueurs. Ce projet de thèse vise à lever ces verrous par plusieurs approches, à partir d'un nouveau
prototype per-opératoire permettant notamment une excitation multi-longueur d’onde. Ce système sera notamment
utilisé sur des patients opérés en bloc de neurochirurgie. Nous mettrons en place des méthodes de quantification des
biomarqueurs et des méthodes d’apprentissage (machine learning) afin d’obtenir des biomarqueurs robustes du statut
pathologique des tissus.

ENVIRONNEMENT SCIENTIFIQUE
La thèse se déroulera à CREATIS, laboratoire de recherche appliquée à l’imagerie médicale associé au CNRS et à l’INSERM.
Ce laboratoire de recherche multidisciplinaire constitue un environnement scientifique et technologique stimulant au
coeur du domaine scientifique de la Doua à Lyon qui regroupe notamment l’Université Lyon 1 et l’INSA de Lyon. La
personne recrutée s’intégrera dans une équipe de recherche qui explore diverses modalités d’imagerie et de
spectroscopie (IRM et optique). L’encadrement du travail sera assuré par une équipe pluridisciplinaire travaillant
ensemble depuis près de 6 ans. La thèse sera encadrée par Bruno Montcel (CREATIS), expert en dispositif médicaux
d’imagerie optique, et Mathieu Hebert (Lab. Hubert Curien, IOGS), expert en modélisation de la propagation de la lumièreen milieux diffusants. Les expériences au bloc opératoire de neurochirurgie seront effectuées en étroite collaboration avecJacques Guyotat neurochirurgien aux HCL et pionnier de la technique de fluorescence 5-ALA en France et David Meyronetpathologiste aux HCL. La personne bénéficiera également du soutien technique des ingénieurs de la plateforme d’imagerieet des ingénieurs informatiques de CREATIS, et également des experts en montage d’essais cliniques de la DRCI des HCL.

FINANCEMENT
La personne recrutée sera financée par un contrat doctoral du Labex PRIMES de l’université de Lyon. Le projet de
recherche est soutenu par le Cancéropôle CLARA, le Labex PRIMES et France Life Imaging.
OBJECTIF de la thèse - PROFIL DU CANDIDAT
La personne recrutée interviendra principalement sur des aspects de modélisation optique, d’instrumentation et de
traitement du signal et de l’information. Elle devra adapter les systèmes expérimentaux actuels, et donc avoir un goût
prononcé pour les aspects instrumentaux et d’acquisitions. Elle devra effectuer des expériences in vivo sur l’homme dans
un bloc opératoire de neurochirurgie. La personne devra être également capable de mener à bien un projet
interdisciplinaire en interaction avec des chercheurs et ingénieurs experts en traitement de l’information, des médecins,
des experts médicaux en essai cliniques et l’ensemble des personnels hospitaliers intervenants dans un bloc opératoire
de neurochirurgie. Les prérequis sont donc ceux d’un Physicien et/ou ingénieur de formation avec une spécialisation
modélisation et/ou signal prononcée avec un attrait pour la pluridisciplinarité dans le domaine médical.

CONTACTS Bruno Montcel : bruno.montcel@creatis.insa-lyon.fr
Mathieu Hebert : mathieu.hebert@institutoptique.fr
Informations complémentaires : https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr/recrutement_etudiants

Développement d’outils IRM « fingerprint » pour la mesure de l’oxygénation cérébrale 

Début de la thèse : Octobre 2019 Candidatures jusqu’au 31 mai.

Contexte : Il n’existe pas aujourd’hui de méthode d’imagerie clinique simple et fiable pour cartographier les niveaux d’oxygénation dans le corps humain. Pourtant, dans le cerveau, une telle technique permettrait de mieux comprendre la physiologie cérébrale et serait d’une aide précieuse pour la caractérisation de pathologies (ref1). Nous avons récemment proposé une approche IRM préclinique pour mesurer la saturation en oxygène du sang (SO2). Cette méthode s’appuie sur le concept d’IRM fingerprint (MRF) où les acquisitions in vivo (3D spatial+1D temporel=fingerprints) sont comparées à des millions de simulations numériques qui miment les tissus du cerveau (dictionnaire) (ref2). Ces simulations numériques s’appuient sur la physique de la RMN (champ magnétique, susceptibilité magnétique, diffusion, relaxations …) et sur la biophysique (dimensions cellulaire et vasculaire, flux…). L’approche MRF est en théorie assez flexible pour permettre d’accéder à plusieurs paramètres IRM simultanément et de les quantifier. Les images peuvent être extrêmement sous-échantillonnées d’où un gain de temps substantiel à l’acquisition. Enfin, il est possible de prendre en compte et de réduire l’influence des imperfections du système d’acquisition (antennes, aimant), ainsi que les mouvements des patients. Nous proposons de continuer ce travail méthodologique afin d’obtenir un outil clinique fiable et efficace qui permet la prise en charge rapide de patients souffrant d’accidents vasculaires cérébraux (AVC) ou de traumatismes crâniens.

Sujet de thèse : Le travail proposé porte sur le développement d’outils IRM fingerprint qui permettent une mesure robuste de la saturation en oxygène du sang en quelques minutes. Les objectifs de ce projet de thèse sont :
- De prendre en main un outil existant de simulation du signal IRM, de développer des nouveaux modules spécifiques à l’analyse de la microvascularisation et de construire des dictionnaires de signaux numériques.
- De reconstruire les données et d’optimiser le protocole à l’aide d’outils de type deep learning.
- De programmer une séquence MRF (impulsions radio-fréquence, gradients de champ magnétique) pour la mesure des propriétés du sang (une ébauche de code est déjà installée sur certains scanners IRM de la plateforme petit animal)
- D’acquérir des données in vivo sur cerveau et de tester les outils lorsque le niveau d’oxygène respiré est augmenté (hyperoxie) ou abaissé (hypoxie), puis éventuellement en situation pathologique (AVC, trauma).
Le travail de simulation et d’analyse sera réalisé sous Python (+keras, +PyTorch) et Matlab sur une grille de calcul, en collaborant avec des ingénieurs de la grille de calcul de l’université Grenoble Alpes (GRICAD). La programmation de séquence sera réalisée en code C. Les acquisitions seront réalisées avec l’aide des ingénieurs de la plateforme IRMaGe. Le financement de ce projet est acquis (allocation doctorale).

Niveau/Formation : Master 2 ou équivalent. Formation initiale en ingénierie / physique, physique médicale, ou en mathématiques appliquées et statistiques.

Encadrement / contact : GIN/Équipe "Neuroimagerie Fonctionnelle et Perfusion Cérébrale" : Emmanuel Barbier (emmanuel.barbier@univ-grenoble-alpes.fr) et Thomas Christen (thomas.christen@univ-grenoble-alpes.fr). Candidatures jusqu’au 31 mai.

Lieu: Institut des Neurosciences : https://neurosciences.univ-grenoble-alpes.fr
Début de la thèse : Octobre 2019

Références : [ref1] Tatum et al., Int J. Radiat Biol, 2006. [ref2] Ma et al., Nature, 2013. [ref3] Christen et al. Neuroimage 2014.
Figure 1: Protocole MRF pour mesures de paramètres microvasculaires (ref3